Durante il periodo in cui Caffi era direttore, il Museo subì due trasferimenti di cui il primo, nel 1922, si limitava ad uno spostamento di materiali e scaffali al piano superiore dello stesso edificio. Il secondo e più impegnativo cambio di sede avvenne tra il 1° agosto ed il 10 novembre 1927 quando il Museo si trasferì nei locali precedentemente occupati dal Tribunale, sul lato est di Piazza Vecchia e su via Bartolomeo Colleoni. Il Museo fu riaperto al pubblico, senza solennità, il 1° luglio 1928. Al primo piano si trovavano: la sala della Direzione e del Consiglio con biblioteca e laboratorio, la sala di entomologia, gli erbari ed un locale per il custode. Al secondo piano: la raccolta mineralogica, l’esposizione dei fossili, la parte dedicata all’etnografia ed altri due ambienti destinati al magazzino ed al laboratorio.
